2013年9月，内蒙古自治区政府批准内蒙古国际蒙医医院扩建1000张床位的病房楼，医院积极与自治区发改委、呼和浩特市政府、赛罕区人民政府等相关部门协调确定了扩建土地的位置。二期工程的位置紧邻医院东侧，面积为34.2亩。现已进入制作项目建议书和土地拆迁及协商补偿阶段。目前医院面临的最大的困难就是柠檬酒店的拆迁事宜和近2亿的土地整理、购置及回迁户安置费用的问题。

　　2013年12月5日，自治区人民政府主席巴特尔在副主席刘新乐、政府秘书长邓月楼、卫生厅厅长毕力夫、建设厅厅长范勇、代建局局长孙雪松的陪同下视察了内蒙古国际蒙医医院二期工程建设项目。
自治区卫生厅副厅长、内蒙古国际蒙医医院院长乌兰向巴主席汇报了医院二期工程建设项目进展情况。

　　巴主席听取汇报和实地考察后强调，内蒙古国际蒙医医院二期工程是卫生十个重点民生项目之一，所以要确保质量、加快进度，为改善民生促进发展提供坚实保障。巴主席还指出，要提高项目审批和相关环节工作效率，抓紧做好征地拆迁，招标投标等工作，将尽早开工建设，确保2017年建成并投入使用，为有效改善我区医疗卫生条件，满足广大患者就医需求，提供有力保障。